अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय में परिसर के अंदर होली मिलन मनाने की अनुमति अधिकारियों द्वारा अस्वीकार किए जाने के बाद विवाद खड़ा हो गया है, जिसके कारण कुछ छात्रों ने आरोप लगाया है कि प्रशासन हिंदुओं के साथ भेदभाव कर रहा है। छात्रों ने अब अनुमति नहीं मिलने पर मामले को प्रधानमंत्री नरेंद्र मोदी के सामने उठाने की धमकी दी है। मास्टर डिग्री के छात्र अखिल कौशल ने 25 फरवरी को अनुमति मांगी थी। हिंदू छात्रों की ओर से, कुलपति को संबोधित एक पत्र विश्वविद्यालय के प्रॉक्टर वसीम अली को सौंपा गया था, जिसमें 9 मार्च को विश्वविद्यालय के एनआरएससी क्लब में होली मिलन समारोह आयोजित करने की अनुमति मांगी गई थीदावा किया जा रहा है कि छात्रों को बाद में प्रॉक्टर द्वारा सूचित किया गया कि प्रशासन ने परिसर के अंदर होली कार्यक्रम आयोजित करने की अनुमति नहीं देने का फैसला किया है। अखिल कौशल ने बताया कि अब तक हमें इसकी अनुमति नहीं दी गई है। प्रोफेसर वसीम अली खान ने कहा कि 26 फरवरी को, पांच छात्रों ने मुझे कुलपति को संबोधित एक हस्ताक्षरित पत्र दिया था, जिसमें वीसी से अनुरोध किया गया था कि वे उन्हें 9 मार्च को होली समारोह के लिए एक विशेष कार्यक्रम आयोजित करने के लिए एक स्थान आवंटित करें।  उन्होंने कहा कि विश्वविद्यालय ने फैसला किया कि चूंकि पहले कभी भी ऐसी कोई विशेष अनुमति नहीं दी गई है, इसलिए अब भी इसका पालन किया जाएगा। विश्वविद्यालय में छात्रों द्वारा अपने-अपने विभागों और छात्रावासों में होली मनाई जाती है। विश्वविद्यालय किसी विशेष समारोह की अनुमति देने के पक्ष में नहीं है। अखिल भारतीय करणी सेना के अध्यक्ष यानेंद्र सिंह चौहान ने कहा कि एएमयू के कुछ छात्रों ने एएमयू प्रशासन से ‘होली मिलन’ समारोह मनाने की इजाजत मांगी थी, लेकिन यूनिवर्सिटी ने इससे इनकार कर दिया है। आज हमने पीएम को संबोधित करते हुए डीएम को ज्ञापन दिया है, जिसमें कहा गया है कि एएमयू में हिंदू छात्रों के साथ अलग व्यवहार किया जा रहा है। अगर इजाजत नहीं मिली तो 10 मार्च को हम एएमयू में घुसकर छात्रों के साथ होली मनाएंगे।इस बीच, समाजवादी पार्टी के नेता आशुतोष वर्मा ने कहा कि विश्वविद्यालय प्रशासन को मामले का संज्ञान लेना चाहिए क्योंकि “किसी को भी त्योहार मनाने से नहीं रोका जाना चाहिए”। यूपी के पर्यटन मंत्री जयवीर सिंह ने अनुमति न दिए जाने को गलत बताते हुए कहा कि अगर भारत में कोई विश्वविद्यालय केवल एक विशेष धर्म का समर्थन करता है और अन्य त्योहारों को मनाने पर रोक लगाता है, तो ऐसे मामलों पर पुनर्विचार किया जाना चाहिए। पूर्व महापौर और भाजपा नेता शकुंतला भारती ने विशेष होली कार्यक्रम से इनकार करने पर विश्वविद्यालय प्रशासन पर तीखा हमला बोला।